1. 會計科目表
在使用PJS會計功能之前，先要設定好(1)科目組別/(2)倉存組別/(3)會計科目表，才可以進行會計事項輸入。
2. 財政年度
每年輸入財政年度編號及期段，如2020年度便輸入(Y20)為編號，可以一次過輸入數年之年號及期段時間。
3. 年度開始數值
取得上一年度數帶數，便可作為輸入今期開始數值的憑證。在開始數值未輸入前，會計事項可以預先輸入，只是財務報告結餘不能作準。
4. 倉存輸入
PJS會計在同一財政年度內可以有期段財報告，(如每月的損益表)。所以系統可以記錄每月月尾的倉存金額，用作每月報告。
5. 銷售記錄會計
銷售記錄會計輸入有兩功能，一是為每個銷售項目作會計記錄，二是作為銷售確認，銷售項目一經會計記錄輸入後，金額便不能再修改。
6. 銷售退回記錄會計
銷售退回記錄會計輸入有兩功能，一是為退回項目作會計記錄，二是作為退回確認，退回項目一經會計記錄輸入後，金額便不能再修改。
